药物不良反应的原因十分复杂。药物种类繁多，给药方法不同，患者体质及疾病程度也各异，都与药物不良反应的发生有密切的关联。从大的方面讲，主要有以下几方面。

1、药物因素：任何事物都有两个方面，药物也不例外。一种药物有两种以上作用是十分常见的，其中一种作为治疗作用时，其它作用就是副作用。有些药物制剂中含有添加剂、增溶剂、稳定剂、着色剂、药物合成中产生的杂质等，均可能引起不良反应。有的药物的分解产物是有毒的，如副醛在存贮过程中可分解成乙醛，进一步氧化成有毒的乙酸。

2、人体因素：人体体质不同，性别差异，年龄大小，都与药物不良反应的发生有关。药物引起的系统性红斑狼疮，女性的发病率比男性高3倍。一些耳毒性抗生素如链霉素和庆大霉素，小儿排泄比成人慢，只要达到一定的剂量，就可引起中毒反应。新生儿特别是早产儿，因参与药物代谢和消除的酶发育较差，血－脑屏障功能发育不完善，更易产生各种药物不良反应。特异性体质也是引起过敏反应及特异质反应的重要原因。

3、与药物吸收、分布、排泄有关的因素：有些药物的不良反应与药物的药理作用有关，常表现为剂量依赖性，因此，与血液药物浓度密切相关的药物，其吸收、分布、排泄等有关因素对这些药物的不良反应有重要影响。如药物与血浆蛋白结合减少，会增加游离药物浓度，使药效增强，以致产生不良反应；肝肾功能受损时，对依赖肝脏代谢解毒或由肾脏排泄的药物，将会延长药物的作用时间，易引起不良反应。

4、药物的相互作用：在临床实践中，为了加强疗效，减轻副作用，采用联合用药是很普遍的。与此同时，联合用药过程中由于药物相互作用带来的不良反应也常有发生，甚至造成严重后果，如抗焦虑药地西泮和催眠药水合氯醛合用可致过度抑制；降低血小板聚集的药物（如阿司匹林）与华法林合用可增加出血的倾向。