衣原体肺炎是由沙眼衣原体引起的，衣原体属于细菌同时又有病毒特点，多由受感染的母亲分娩时通过产道传染给小婴儿。主要见于6月以内，1-3个月的婴儿更为常见。起病隐匿，多不发热，只有轻度的呼吸道症状，如流涕、鼻塞及咳嗽，咳嗽持续加重，可出现百日咳样的咳嗽，即成串的、接连不断的痉挛性咳后，出现一次长吸气，俗称“回勾”。但衣原体肺炎咳后无“回勾”。另外呼吸快是典型的症状，偶见呼吸暂短停止或呼气时发出“呼呼”的喘鸣音。偶有胸膜炎，半数病人可见结膜炎。
 
在进行化验检查时可见白细胞正常或稍高，嗜酸细胞增多。血气分析检查时发现由于呼吸快，呼气困难，患儿肺吸收氧减少引起氧分压降低，体内二氧化碳气排除困难导致二氧化碳分压升高。胸部X线检查可见弥漫性肺间质病变，斑片状肺浸润及肺气肿，消失较慢，往往需要一个月以上的时间。衣原体血清抗体或抗原检测可以帮助诊断。
 
这一疾病的治疗也是以大环内酯类抗生素特效，比如红霉素、交沙霉素、罗红霉素等。青霉素和头孢类抗生素无效。疗程2-3周。
 
本病的病因是由母亲产道分娩时感染，因此为了预防，母亲在妊娠后期应服用红霉素，剂量为每日，连服2周，以达到预防婴儿发病的目的。
 
有报道对本病患儿追踪观察达7-8年后，发现部分儿童可遗留咳、喘或肺功能减低等表现。